Напрыканцы 16 стагоддзя на тэрыторыі ўсяго Вялікага княства, у тым ліку і ў Оршы, ўжо дзейнічалі пратэстанцкія суполкі і актыўна разгортвалася Езуіцкая контррэфармацыя. А ў 1596 стварылася і уніяцкая царква. Цэрквы былі не толькі рэлігійным інстытутам, але адыгрывалі і значную ролю ў палітыцы. Таму розныя канфесіі мелі падтрымку розных слаёў насельніцтва і розных магнатаў. Напачатку 17 стагоддзя ў Оршы сутыкнуліся ўсе асноўныя рэлігійныя кірункі краіны.
Канкурэнтная барацьба за новых вернікаў і адносна мірная першая палова 17 стагоддзя прывяла да значнага росквіту адукацыі і культуры ў нашым горадзе і яго ваколіцах.
Першым адказ на дзейнасць рэфарматараў Кальвінісцкага толку ў Оршы даў Леў Сапега, які на той момант прыняў каталіцызм. Напрыканцы 16 стагоддзя ён выкупае ў Кальвінісцкага збору частку зямлі і да 1604 (?) году будуе драўляны касцёл. Пробашчам касцёлу стаў Якуб Лаўрэнці, які верагодна быў сябрам ордэну Езуітаў. У 1609 годзе кароль Рэчы Паспалітай і Вялікі князь Жыгімонт ІІІ Ваза дорыць Езуітам 11 валок зямлі. На першым этапе ордэн Езуітаў засноўвае тут школу для мяшчанаў і місію. А ў 1616 арганізоўваюць і калегіюм (вышэйшая навучальная ўстанова), які стаў адным са значных цэнтраў каталіцкай місіянерскай і адукацыйнай дзейнасці. Сёняшнія рэшткі будынкаў калегіюму былі пабудаваныя, хутчэй за ўсё, ў 1690 годзе.
Паралельна з Езуітамі актывізавалі місіянерскую дзейнасць і ішыя каталіцкія ордэны. Трынітарскі ордэн пабудаваў адзін са сваіх касцёлаў Пакутаў Гасподніх у 1714 годзе (будынак манастыру – сёняшні ЗАГС), Бернардзінскі (адзін з будынкаў бальніцы імя Сямашкі) у 1636 г., па іншых звестках 1653, Дамініканскі (1650 г.) і Францішканскі (1680) (двухпавярховы будынак па вуліцы Савецкай за крамай “Віцязь”). За тэрыторыяй гораду (побач з сучаснай школай №1) ў сярэдзіне стагоддзя пабудаваны Місіянерскі манастыр, па іншых звестках Марыявіцкі.
Такая актыўнасць каталікоў прыводзіць да таго, што гарадское насельніцтва стала пераважна катліцкім. Праваслаўнае насельніцтва жыло, ў асноўным, за межамі гораду. А ўніяцтва ў горадзе шырока так і не развярнулася.
Спробы уніяцкага місіянерства пачынаюцца з будаўніцтва драўлянага жаночага базылянскага манастыру (на тэрыторыі сёняшніх Пралетарскіх могілак) у 1646 годзе.
Праваслаўныя таксама імкнуцца актывізаваць сваю дзейнасць, хаця царква ў гэты час знаходзіцца ў даволі сур’зным крызісе, як па знешніх прычынах (актывізацыя канфесіяў-канкурэнтаў), так і па нутраных прычынах (распуста святароў).
Для актывізацыі сваёй дзейнасці на тэрыторыі, што належала магнату Багдану Статкевічу-Заверскаму распачалося будаўніцтва Куцеінскага манстыра ў 1623 годзе. Пазней пры манастыры ў 1630 г. была створана друкарня і ў 1649 годзе брацкая школа. У выніку манастыр стаў цэнтрам праваслаўя ва ўсёй усходняй Беларусі. У 1631 годзе за кошт тых жа мецэнатаў будуецца жаночы Куцеінскі Успенскі манастыр (на сёняшняй тэрыторыі СШ №20).
Паўнавартаснае Магдэбурскае права горад ат арымлівае 13 снежня 1620 года. Праўда, на той момант можна казаць, што ў Оршы ўжо склалася сваё “Аршанскае права”. Таму ўвядзенне Магдэбурскага выклікала некаторае непаразуменне. І 23 сакавіка 1621 года Аршанцы на аснове Магдэбурскага права прымаюць уласны статут “Вилкер места его королевское милости Орши” з 23 раздзелаў, які больш адпавядаў традыцыям рэгіёну. У ім, напрыклад, даты прывязваліся не да каталіцкіх святаў, а да праваслаўных. Аршанцы па свойму перапісалі прынцыпы падзелу маёмасці, увялі пакаранне за паклёп і хлуслівыя сведчанні ды змянілі многія іншыя, у тым ліку і рэлігійныя, нормы.
У другой палове 17 стагоддзя напруга паміж Рэччу паспалітай і Масквой зноў пачала нарастаць. Больш за тое, супрацьстаянне набывае яшчэ і рэлігійны характар. У такіх умовах манахі куцеінскага манастыра паводзяць сябе па калабаранцку – заклікаюць Расійскага цара напасці на Беларусь (ВКЛ), каб супыніць распаўсюд уніяцтва і каталіцызму ды падтрымаць праваслаўе.
У 1654 годзе распачалася новая вайна. Для Расеі ў гэтай вайне было важна захапіць Смаленск і ўсходнія тэрыторыі Белаурсі, у тым ліку Оршу. На самым пачатку вайны Расійскія войскі ўзялі Смаленск у аблогу. У Оршы размясцілася войска Рэчы Паспалітай начале з гетманам Янушам Радзівілам, адкуль рабіліся дыверсійныя вылазкі. Каб супыніць дыверсіі, частка расейскага войска скіравалася на Оршу, Радзівіл не меў вялікіх сілам для абароны і таму адыйшоў да Копысі. Орша патрапіла ў рукі Масквы.
Але ўжо ў студзені 1955 года Януш Радзівіл робіць контр-наступ і адбівае наш горад. Тут ён набірае вялікае войска добраахваотнікаў, якія не хацелі вяртання пад уладу Масквы. Гэта тлумачыцца вялікімі рабункамі ўчыненымі войскамі агрэсара і забаронай уніяцтва і каталіцтва. Большасць насельніцтва разбеглася пры падыходзе рускіх. У горадзе па стане на 1657 годзе ў горадзе жыло не больш за 100 чалавек. Для параўнання па стане на 1646 годзе ў горадзе жыло каля 5000 чалавек. Пры гэтым, праваслаўныя манахі наадварот уцякалі ад войскаў Рэчы Паспалітай. Менавіта ў гэты час у Куцеінскім манастыры была спынена праца друкарні, якая перавезена ў Іверскі манастыр. Контр-наступ атрымаўся не доўгім і ўжо ў траўні горад захапіў расейскі баярын Чарскі. Да 1661 года Орша патрапіла ў склад Расіі.
Пасля вяртання Оршы ў склад Рэчы Паспалітай, горад і ваколіцы зноў вызваляюцца ад падаткаў, бо ў выніку вайны і рабаўніцтваў рускіх войскаў горад быў страшна разбураны. Але да канца стагоддзя наступствы вайны былі ў асноўным пераадоленыя – аднавілася гаспадарка, пачалі будавацца новыя культавыя будынкі.