На сённяшні дзень Куцеінскі манастыр складае толькі невялікую частку ад таго, што было пабудавана і створана за ўсю яго гісторыю. Акрамя сённяшніх пабудоваў да комплексу можна аднесці жаночы Куцеінскі манастыр, які знаходзіўся на тэрыторыі сённяшняй 20-й школы, млын на рацэ Куцеінка і пячора манахаў-адшэльнікаў на Дняпры.

Падставай для стварэння куцеінскага манастыру стала прыняцце ў Беларусі вуніятцтва. Справа ў тым, што праваслаўныя служкі часта паводзілі сябе па-калабарцыяністску. Працуючы на тэрыторыі Рэчы Паспалітай, палітычна яны падтрымлівалі Расейскіх цароў, за што рэгулярна атрымлівалі ад тых “падарункі”. Стварэнне вуніяцкай царквы дало палітычнай эліце нашай краіны легальную магчымасць спыніць дзейнасць праваслаўных святароў і манахаў на тэрыторыі Беларусі. Усе праваслаўныя цэрквы былі перададзеныя Грэка-каталікам (вуніятам) і тыя святары, што не перайшлі ва ўніяцтва, служыць не маглі. Дадзенае правіла не тычылася толькі тых прыходаў, якія існавалі на прыватных землях. У каралеўстве права ўласнасці абаранялася і на тэрыторыю, што належала шляхцічу без дазволу ўладальніка не мог зайсці ані вуніяцкі святар, ані каралеўскі чыноўнік.

Так у шляхціча Багдана Стэткевіча-Завірскага з’явілася ідэя стварэння праваслаўнага манастыру на прыватных тэрыторыях.

У 1620 годзе патрыярх Ерусалімскі ў Кіеве выдаў Стэткевічу і яго жонцы Алене Саламярэцкай грамату на заснаванне Куцеінкі. Шляхцічы выдалі зямлю пад будаўніцтва і частку сродкаў, але большасць фінансаў збіралі праваслаўныя аршанцы, якіх на той момант было даволі шмат. У горадзе нават дзейнічала праваслаўнае брацтва, узнікшае адным з першых на тэрыторыі Беларусі яшчэ ў 1592 годзе. Частку сродкаў сабрала Магілёўскае брацтва.

Паўнавартаснае будаўніцтва пачалося ў 1623 годзе на тэрыторыі, дзе зараз і знаходзіцца манастыр. Да таго на тым месцы ў 12-13 стагоддзях існавала паселішча. Кіраваў будаўніцтвам Іоіль Труцэвіч, магілеўчанін, адзін з актыўнейшых прыхільнікаў далучэння ўсходняй Беларусі да Расеі. Пазней ён і стане ігуменам манастыру.