Першымі пабудовамі комплексу сталі жылыя пабудовы манастыру (часткова захаваліся), і велізарны будынак саборнай Богаяўленскай царквы (не захаваўся).
Вышыня будынку складала амаль 40 метраў. Гэта быў чатырохсрубны крыжова-купальны драўляны храм з вялікім гранёным купалам і трыма меншымі купаламі. Уваход у царкву быў зроблены ў выглядзе адкрытай галерэі. У храме быў шасціярусны разны іканастас, выкананы аршанскімі разьбярамі. Сцены ўпрыгожаныя роспісамі. Пад падмуркам царквы знаходзілася падземная царква ўваскрашэння Праведнага Лазара з дзвума невялікімі бакавымі пакоямі для захавання скарбу ды іншай манастырскай маёмасці. Падзямелле знаходзілася на вялікай глыбіні, куды вяла крутая вузкая лесвіца. Унутры памяшканне выглядала як невялікая пячора з каменным сводам. На месцы прастолу быў усталяваны невысокі драўляны крыж, абкладзены камянямі. Асвечана Богаяўленская царква была ў 1623 годзе Кіеўскім мітрапалітам Пятром Магілай. Згарэла ў 1885 годзе ад маланкі.
З усіх культавых пабудоў комплексу да нашых дзён захавалася толькі Святадухаўская каменная царква – помнік архітэктуры Беларускага барока. Будаваўся ён таксама на пачатку 17 стагоддзя. Першапачаткова царква была двухпавярховай. Унізе быў прастол Раства Храстова, а ўверсе Андрэя Першапакліканага. Пасля рэканструкцыі 1868-1869 гадоў царква набыла сённяшні выгляд, хаця было захаванае двухяруснае размяшчэнне вокнаў.
З жылых і гаспадарчых пабудоваў да нашага часу дайшоў двухпавярховы жылы будынак манастыру. Тут былі кельі і трапезная, духоўная вучэльня, верагодна што менавіта тут была і друкарня. Сцены будынка складзеныя з плінфы (тонкія цагліны таго часу). Без зменаў з таго часу да нас дайшла толькі частка будынка – заходняя тарцавая сцяна, якую ўпрыгожваюць арачныя нішы. Другі, драўляны паверх, перабудаваны цалкам.
Акрамя названага ў манастыры былі гаспадарчыя пабудовы, а канкрэтна: амбары, леднік, паграбы, пральня, кучарская, кавальня, гасцініца.
Часткова захаваўся ў комплексе каменны мур, якім манастыр быў абнесены з усіх бакоў. Першапачаткова вышыня мура складала 2,5 метры, ён быў вапнаванавым і накрыты ліставым жалезам. У муры мелася чатыры брамы: з боку Дняпра, з боку сённяшняй вуліцы Ф. Скарыны і дзве брамы з боку сённяшняга 1-га Квяточнага завулка. З гэтага боку над брамай, што месцілася бліжэй да Дняпра, існавала вежа са званом.
Часткова захавалася частка ліпавай алеі, якая ад Святадухавай царквы вяла да выхаду. Уздоўж алеі існавалі пахаванні з каменнымі помнікамі. Яшчэ адны могілкі знаходзіліся на ўзвышшы каля манастыру, яны былі знішчаны ў 1987 годзе, на іх месцы зараз знаходзіцца част ка матацыклетнай трасы.
Найбольшую вядомасць мужчынскаму Куцеінскаму манастыру прынесла друкарня Спірыдона Собаля. У манастыры на момант пачатку дзейнасці было каля 200 манахаў. Сярод іх было даволі шмат майстроў, якія рабілі пераплёты да кніг. Магчыма, таму Іоіль Труцэвіч быў зацікаўлены ў адкрыцці друкарні пры абіцелі. У 1630 годзе Багдан Стэткевіч-Завірскі запрасіў Спірыдона Собаля адкрыць у Куцеінскім манастыры сваю друкарню. Друкарня была перавезена з Кіева і ў хуткім часе тут выйшла першая кніга “Брашно духовное”. У наступным годзе Собаль выдае кнігу – справу ўсяго жыцця – “Букварь сиречь, начало учения детям, начинающим чтению извыкати”. Важна адзначыць, што само слова “Буквар” было прыдуманае менавіта тут у Оршы. Акрамя таго Собаль стварыў пры Куцеінскай лаўры і школу гравюры, дзякуючы чаму кнігі, выдадзеныя тут, былі багата аздобленыя. Сам Собаль у горадзе быў усяго 2 гады, ўжо ў 1632 годзе ён з’язжае і далей друкарняй кіруе Іоіль Труцэвіч.
Ужо ў сярэдзіне 17 стагоддзя друкарня становіцца самай буйной у Беларусі. Акрамя звычайных кніг тут друкаваліся і ноты. Друкарня была зачыненая ў 1655 годдзе падчас чарговай вайны з Расеяй. Абсталяванне разам з разным іканастасам вывезенае ў нядаўна заснаваны патрыярхам Ніканам, а па іншай версіі Іоілем Труцэвічам Іверскі манастыр пад Ноўгарадам. Сам Труцэвіч памёр не даехаўшы да Іверскага манастыра ў Болдзіна. У 1675 годзе абсталяванне было перавезенае ў Маскву Сімяону Полацкаму. Пасля гэтага манастыр пачаў прыходзіць у заняпад. У 1656 годзе цар Аляксей Міхайлавіч прымусова вывез у Маскву некалькі гравёраў, якія пасля аздаблялі Аружэйную Палату Крамля і Каломенскі царскі палац у Ізмайлава.
Спробы аднавіць славу лаўры рабіліся рэгулярна. Так, у 1874 годзе пры манастыры была адчыненая аднакласная вучэльня. У 1890 годзе пабудаваная новая вялікая вежа-званарня над брамай. У 1904 годзе з Кіева быў дасланы новы ігумен Валянцін разам з “неабходнай” колькасцю манахаў. У 1917 годзе манастыр перастаў існаваць на доўгія гады.
Заслугоўвае ўвагі, што ў другой палове 1980-х гадоў кансервацыя напаўразбуранага будынку Святадухаўскай царквы вялася сіламі тагачаснай краязнаўчай суполкі “Повязь” пад кіраўніцтвам А.Сярожкіна.