В конце 16 века на территории всего Великого княжества, в том числе и в Орше, уже действовали протестантские приходы и активно разворачивалась Иезуитская контр-реформация. А в 1596 создалась и униатская церковь. Церкви были не только религиозным институтом, но отыгрывали и значительную роль в политике. Поэтому разные конфессии имели поддержку разных слоёв населения и разных магнатов. В начале 17 века в Орше столкнулись все основные религиозные направления страны.
Конкурентная борьба за новых верующих и относительно мирная первая половина 17 века привела к значительному расцвету образования и культуры в нашем городе и регионе.
Первым ответ на деятельность реформаторов Кальвинистского толка в Орше дал Лев Сапега, который на тот момент принял католицизм. В конце 16 века он выкупает у Кальвинистского сбора часть земли и до 1604 (?) года строит деревянный костёл. Пробощем костёла стал Якуб Лаврентий, который вероятно был членом ордена Иезуитов. В 1609 году король Речи Посполитой и Великий князь Жигимонт ІІІ Ваза дарит Иезуитам 11 волок земли. На первом этапе орден Иезуитов основывает здесь школу для мещан и миссию. А в 1616 организовывают и коллегиум (высшее учебное заведение), который стал одним со значительных центров католической миссионерской и просветительской деятельности. Сегодняшние остатки зданий коллегиума были построены, скорее всего, в 1690 году.
Параллельно с Иезуитами активизировали миссионерскую деятельность и другие католические ордена. Тринитарский орден построил один из своих костёлов Страстей Господних в 1714 году (здание монастыря - сегодняшний ЗАГС), Бернардинский (одно из зданий больницы имени Семашки) в 1636 г., по другим данным в 1653, Доминиканский (1650) и Францисканский (1680) (двухэтажное здание по улице Советской за магазином "Витязь"). За территорией города (рядом с современной школой №1) в середине века построен Миссионерский монастырь, по другим данный Мариявитский.
Такая активность католиков приводит к тому, что городское население стало преимущественно католическим. Православное население жило, в основном, за пределами города. А униатство в городе широко так и не развернулось.
Попытки униатского миссионерства начинаются со строительства деревянного женского базилианского монастыря (на территории сегодняшнего Пролетарского кладбища) в 1646 году.
Православные также стремятся активизировать свою деятельность, хотя церковь в это время находится в довольно серьёзном кризисе, как по внешним причинам (активизация конфессий-конкурентов), так и по внутренним причинам (распущенность священников).
Для активизации своей деятельности на территории, которая принадлежала магнату Богдану Статкевичу-Заверсому началось строительство Кутеинского монастыря в 1623 году. Позже при монастыре в 1630 году была создана типография и в 1649 году братская школа. В итоге монастырь стал центром православия во всей восточной Беларуси. В 1631 году за счёт тех же меценатов строится женский Кутеинский Успенский монастырь (на сегодняшней территории СШ №20).
Полноценное Могдебурское право город получает 13 декабря 1620 года. Правда, но тот момент можно сказать, что в Орше уже сложилось своё "Оршанское право". Поэтому введение Могдебурского вызвало некоторое непонимание. И 23 марта 1621 года Оршанцы на основе могдебурского права принимают собственный устав “Вилкер места его королевское милости Орши” из 23 разделов, которые больше соответствовали традициям региона. В нём, например, даты привязывались не к католическим, а к православным праздникам. Оршанцы по своему переписали принципы раздела имущества, ввели наказание за поклёп и лживые свидетельства и изменили многие другие, в том числе и религиозные, нормы.
Во второй половине 17 века напряжение между Речью Посполитой и Москвой опять начало нарастать. Более того, противостояние приобретает ещё и религиозный характер. В таких условиях монахи Кутеенского монастыря ведут себя по колоборантски - призывают Русского царя напасть на Беларусь (ВКЛ), чтобы остановить распространение униацтва и католицизма и поддержать православие.
В 1654 году началась новая война. Для России в этой войне было важно захватить Смоленск и восточные территории Беларуси, в том числе Оршу. В самом начале войны Российские войска взяли Смоленск блокаду. В Орше разместилась армия Речи Посполитой во главе с гетманом Янушем Радзивиллом, откуда делались диверсионные вылазки. Чтобы остановить диверсии, часть Российской армии направилась к Орше, Радивил не имел больших сил для обороны и поэтому отошёл к Копыси. Орша попала в руки Москвы. Но уже к январю 1955 года Януш Радзивилл делает контр-наступление и отбивает наш город. Здесь он набирает большую армию добровольцев, которые не хотели возвращения под власть Москвы. Это объясняется большими грабежами устроенными армией агрессора и запрет униатства и католицизма. Контр-наступление получилось не долгим и уже в мае город захватил российский боярин Чарский. До 1661 года Орша попала в состав России. Большинство населения разбежалось при подходе русских. В городе по состоянию на 1657 год жило не более 100 человек. Для сравнения по состоянию на 1646 год в городе проживало около 5000 человек. При этом, православные монахи наоборот убегали от армии Речи Посполитой. Именно в этой войне в 1655 году в Кутеинком монастыре была остановлена работа типографии, которая перевезена в Иверский монастырь.
После возвращения Орши в состав Речи Посполитой (1661), город и околицы опять освобождаются от налогов, потому что в итоге войны и грабежей русской армии город был страшно опустошён. Но к концу века последствия войны были в основном исправлены - восстановилось хозяйство, начали строиться новые культовые здания.